1924 - 1938

Das Haus der Natur wurde 1924 von Eduard Paul Tratz erdacht und gegründet. Ursprünglich befand es sich in der ehemaligen Hofstallkaserne, dem heutigen Salzburger Festspielhaus.

1938 - 1949

Nach dem Anschluss Österreichs an das Dritte Reich erfolgte die Integration des Museums in die SS-Forschungsorganisation "Ahnenerbe". Als Abteilungsleiter im „Ahnenerbe“ identifizierte sich Tratz in vielfältiger Weise mit den Forschungszielen und -vorhaben der SS-Wissenschaftsorganisation. Insbesondere erfuhr das Haus der Natur durch ihn eine Erweiterung im Sinne der ideologischen Prämissen des nationalsozialistischen Staates.
Nach dem Kriegsende wurde die Direktion des Museums dem Wiener Psychologen Maximilian Piperek übertragen.

1949 -1976

Eduard Paul Tratz wurde 1949 neuerlich Direktor am Haus der Natur und blieb es bis 1976. Unter seiner Leitung übersiedelte das Museum im Jahr 1959 an seinen heutigen Standort im ehemaligen Ursulinenkloster. Der Museumsgründer Tratz verstarb im Jänner 1977.

1976 - 2009

Als Nachfolger von Tratz wurde Eberhard Stüber eingesetzt, der das Haus bis 2009 leitete. In seine Direktion fiel die Erweiterung des Museums durch die Überbauung des Innenhofs (1981) sowie die Eröffnung von Reptilienzoo (1982) und Aquarium (1983). Im Jahr 2007 − nach der Übersiedelung des Salzburg Museums an seinen heutigen Standort − wurden die dadurch freiwerdenden Räume in unmittelbarer Nachbarschaft zum Haus der Natur für eine Erweiterung adaptiert. 

2009 - heute

Im Jahr 2009 wurde das um ein Science Center, eine Sonderschauhalle sowie um Sammlungs- und Funktionsräume erweiterte Haus der Natur als „Museum für Natur und Technik“ wiedereröffnet. Gleichzeitig mit der Eröffnung wurde Norbert Winding Direktor am Haus der Natur.